辺境の地、頑強な砦に暮らす少女ヨナとその兄。
不思議な力を持つヨナは、世界に心を閉ざし「はなれ砦」に兄と二人で生きてきた。日々、ヨナの力を求めるエージェントたちが、この砦を訪れたが、妹を守ろうとする兄により少女を連れ去ることなく消えていった。
そんなある日、ヨナのもとに、一人の少年が現れる。
初めて自分に心を開く少年との出会いにとまどうヨナ。
兄は妹を守るべく少年を抹殺しようとする。その兄に助言するのは謎のモンスター…
危険を顧みずヨナを連れ出そうとする少年。
そのとき少女は、はかない想いの向こう、未来への階段を踏み出そうとする。